江戸時代には我が国の歴史に対する編纂（へんさん）事業も進められました。幕府は林家（りんけ）に命じて編年体（へんねんたい、年代を追って出来事を記述していく方法）で本朝通鑑（ほんちょうつがん）をまとめさせました。

一方、水戸藩の徳川光圀（とくがわみつくに）は藩の総力を挙げて紀伝体（きでんたい、人物や国ごとの業績を中心に記述していく方法）の大日本史（だいにほんし）の編纂を始めました。大日本史における全体的な内容は朱子学に基づく大義名分論が主流であり、後には水戸学（みとがく）と呼ばれた尊王思想（そんのうしそう）に発展し、幕末の思想に大きな影響を与えました。

このほか、山鹿素行（やまがそこう）は中朝事実（ちゅうちょうじじつ）を著（あらわ）して、儒学の流行による中華思想（ちゅうかしそう）を批判し、日本人にとっては日本こそが中華であるという立場を明らかにしました。また、新井白石（あらいはくせき）は古代史を研究して古史通（こしつう）や読史余論（とくしよろん）を著しました。

ちなみに、大日本史は全397巻にのぼる大作であり、着手以来250年の歳月をかけて明治39（1906）年にようやく完成しました。また中朝事実は明治の軍人であった乃木希典（のぎまれすけ）が、明治天皇（めいじてんのう）に殉死（じゅんし）する直前に、若き日の裕仁親王（ひろひとしんのう、後の昭和天皇＝しょうわてんのう）に献上しています。

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