農業以外の諸産業の発達にも著しいものがありました。例えば、漁業では地曳網（じびきあみ）などの網漁法（あみぎょほう）が全国に広がり、上総九十九里浜（かずさくじゅうくりはま）の鰯漁（いわしりょう）や肥前五島（ひぜんごとう）の鮪漁（まぐろりょう）、蝦夷地（えぞち）の松前（まつまえ）での鰊漁（にしんりょう）などが有名になりました。

特にイワシは干鰯（ほしか）に加工され、農業における金肥（きんぴ）として各地へ運ばれました。

江戸時代の初期から土佐（とさ）や紀伊（きい）を中心に網（あみ）や銛（もり）を使用した捕鯨（ほげい）が行われ、捕（と）れたクジラからつくられた鯨油（げいゆ）は灯油のほか害虫の駆除（くじょ）に使用されました。また中期以降には土佐で鰹漁（かつおりょう）が発達しました。

蝦夷地では昆布（こんぶ）の漁獲量（ぎょかくりょう）が増加したほか、イリコ（ナマコの腸を取り出して煮た後に乾燥させたもの）・ホシアワビ（アワビの身を取り出して煮た後に乾燥させたもの）・フカノフレ（サメのヒレを乾燥させたもの）を俵（たわら）につめた俵物（たわらもの）が生産され、俵物は17世紀末以降の長崎貿易において銅に替わる清国への主要な輸出品となりました。

製塩業（せいえんぎょう）では播磨（はりま）の赤穂（あこう）などの瀬戸内地方（せとうちちほう）を中心に、高度な土木技術を必要とする入浜塩田（いりはまえんでん）が発達し、生産量が増大しました。

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