江戸時代の以前から、皇族や摂関家の子孫の多くが仏教諸宗（ぶっきょうしょしゅう）の門跡（もんぜき、皇族や貴族などが出家して居住した特定の寺院や、その住職のこと）となっていました。このため、幕府は門跡を朝廷の一員とみなして統制する意味もあって、寺社奉行（じしゃぶぎょう）を置いて全国の寺社と宗教との統制にあたらせました。

寺院に対しては、その宗派ごとに寺院法度（じいんはっと）を発令し、本山（ほんざん）や本寺（ほんじ）の地位を保障するとともにその下に末寺（まつじ）を組織して、全体に対して厳しく統制しました。これを本末制度（ほんまつせいど）といいます。

その後、第4代将軍の徳川家綱（とくがわいえつな）の頃の1665年には、宗派に関係なく寺院や僧侶全体を共通に統制するために諸宗寺院法度（しょしゅうじんはっと）を出し、同年には神社や神職（しんしょく）に対しても同じように統制するために諸社禰宜神主法度（しょしゃねぎかんぬしはっと）を発令しています。

なお、先述のとおり江戸幕府の設立の以前から、キリスト教（カトリック）に対する弾圧（だんあつ）が厳しくなっていました。その詳細（しょうさい）はいずれ後述しますが、幕府はカトリックの禁止を確実なものとするために、1664年に寺請制度（てらうけせいど）を設けました。

（※下線を引いた事例については、リンク先もご参照下さい）

　　　　　　

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