室町幕府の初代将軍である足利尊氏は、吉野の南朝に対抗するために京都に幕府を開きましたが、従来の武士の本拠地である鎌倉を無視することも出来ませんでした。そこで、鎌倉には鎌倉府（かまくらふ）を置き、尊氏の子の足利基氏（あしかがもとうじ）を鎌倉公方（かまくらくぼう）に任命しました。

鎌倉公方はこの後も基氏の子が世襲（せしゅう）することになりました。また、鎌倉公方を補佐する役職としては関東管領（かんとうかんれい）が置かれ、こちらは上杉氏（うえすぎし）が世襲しました。東国の統治を一任された鎌倉府は大きな権限を持ったことで、しばしば室町幕府と対立することになります。なお、この他にも九州地方には九州探題（きゅうしゅうたんだい）が置かれています。

第3代将軍である足利義満の頃までには、室町幕府の組織はほぼ整（ととの）いました。将軍を補佐する中心的な組織として幕府の機関を統轄（とうかつ、多くの人や機関を一つにまとめて管轄すること）し、諸国の守護に対する将軍の命令を伝える役職として管領（かんれい）が設けられ、足利氏の一門にあたる細川（ほそかわ）、斯波（しば）、畠山（はたけやま）の各氏が交代で任命されました。

また、京都内外の治安維持などにあたる侍所（さむらいどころ）の長官である所司（しょし）には、有力な守護大名である赤松（あかまつ）、一色（いっしき）、山名（やまな）、京極（きょうごく）の各氏から交代で任じられました。

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