蘭学の研究は民間においても盛んとなりました。文政期にはドイツ人のシーボルトがオランダ商館医として来日し、長崎に診療所と鳴滝塾（なるたきじゅく）を開いて、医学や博物学などの教育を行いました。しかし、文政11（1828）年に帰国する際に、シーボルトは国外への持ち出しを禁じられていた日本地図を所持していたことで国外追放処分を受けました（シーボルト事件）。
先述した天文方の高橋景保が事件に関与したとして逮捕され、後に獄死（ごくし）しました。なお、シーボルトは我が国が開国後に再来日しています。
化政期からから天保期にかけては、民間で新たな私塾が各地でつくられました。大坂では緒方洪庵（おがたこうあん）が適塾（てきじゅく、正式には適々斎塾＝てきてきさいじゅく）を開き、福沢諭吉（ふくざわゆきち）・橋本左内（はしもとさない）・大村益次郎（おおむらますじろう）らの多くの人材を育てました。
この他、天保期には玉木文之進（たまきぶんのしん）が長門（ながと、現在の山口県西部）の萩（はぎ）で松下村塾（しょうかそんじゅく）を設立し、甥（おい）にあたる吉田松陰（よしだしょういん）も入門しました。
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