化学では、高峰譲吉（たかみねじょうきち）がアドレナリンや消化薬として有名なタカジアスターゼの創製に成功し、鈴木梅太郎（すずきうめたろう）がオリザニン（＝ビタミンB1）の創製を行いました。
また、下瀬正允（しもせまさちか）が研究した「下瀬火薬」が日露（にちろ）戦争の日本海海戦で使用され、ロシアのバルチック艦隊に壊滅的（かいめつてき）な打撃を与えました。
これら以外の自然科学としては、地震学では大森房吉（おおもりふさきち）が大森式地震計を作製し、天文学では木村栄（きむらひさし）が緯度変化のZ項を発見したほか、数学では菊池大麓（きくちだいろく）によって近代数学が導入されています。
この他、探検の分野においては、日本人として初めてチベットに入り、チベット学に貢献した河口慧海（かわぐちえかい）や、同じく日本人として初めて南極圏（けん）に到達した白瀬矗（しらせのぶ）などが知られています。
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