史学においては、田口卯吉（たぐちうきち）が「日本開化小史（にほんかいかしょうし）」を著して、斬新な文明史論を展開しました。また、重野安繹（しげのやすつぐ）が東京帝国大学に国史学科を設置し、同大学の史料編纂掛（しりょうへんさんがかり）で「大日本史料（だいにほんしりょう）」や「大日本古文書（だいにほんこもんじょ）」といった基礎資料の体系的な編纂（へんさん）が進められました。

その他、西洋の近代史学の影響を受けた実証的な研究も進み、帝国大学教授の久米邦武（くめくにたけ）がその先駆者となりましたが、その研究内容が伝統的な思想と衝突（しょうとつ）することもあり、久米が明治24（1891）年に発表した論文「神道は祭天（さいてん）の古俗（こぞく）」が神道家などからの攻撃を受け、翌年に教授の職を追われるということもありました。

自然科学では、様々な分野において、それぞれが世界の科学の進歩に貢献しました。例えば、物理学では田中館愛橘（たなかだてあいきつ）が地磁気の測定で、長岡半太郎（ながおかはんたろう）が原子構造の研究で成果を上げました。

また医学では、令和6（2024）年から新たに発行される我が国の千円札の肖像画（しょうぞうが）に採用された北里柴三郎（きたざとしばさぶろう）が、ペスト菌など細菌学の研究や、伝染病研究所の創設などを行いました。

この他、志賀潔（しがきよし）が赤痢菌（せきりきん）を発見し、秦佐八郎（はたさはちろう）がサルバルサン（＝梅毒の特効薬）の創製を行いましたが、この二人はいずれも北里柴三郎に師事しています。また、我が国の現在の千円札の肖像画で有名な野口英世（のぐちひでよ）が梅毒スピロヘータの研究を行ったことで知られていますが、彼も北里の伝染病研究所に所属した経験があります。

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