農業や諸産業の発達は米などの商品の流通をうながし、都市を中心に全国を結ぶ流通路が形成されました。なかでも流通路の要（かなめ）となった江戸・大坂・京都のいわゆる三都（さんと）は、17世紀中頃までに世界有数の大都市に成長しました。

幕府が置かれた「将軍のお膝元（ひざもと）」である江戸には幕府の施設や大名の屋敷をはじめとして多数の武士が集中して居住し、様々な職を持つ町人も集まって我が国最大の消費都市となり、18世紀初めには総人口が100万人に達して世界最大の都市となりました。

「天下の台所」といわれた大坂は全国の物資の集散地として栄えた商業都市であり、堂島（どうじま）の米市場では世界で最初の商品先物取引が行われるなど発展し、18世紀初めには35万人の人口を数えるようになりました。幕府は大坂城代（おおさかじょうだい）や大坂町奉行（おおさかまちぶぎょう）を置いて監視（かんし）するとともに、西日本を支配する要としました。

桓武天皇（かんむてんのう）が平安京（へいあんきょう）に遷都（せんと）して以来、我が国の首都としての長い歴史を誇（ほこ）る京都は、多くの神社や仏閣（ぶっかく）がひしめく宗教都市として発展しました。呉服屋（ごふくや）や両替商（りょうがえしょう）などの大商人の本拠地（ほんきょち）が置かれたほか、西陣織（にしじんおり）などの工芸も発達して、17世紀には40万人程度の人口がありました。幕府は京都所司代（きょうとしょしだい）や京都町奉行（きょうとまちぶぎょう）を置いて、朝廷や寺社、あるいは畿内（きない）の周辺諸国を監視もしくは支配しました。

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