当初は東国を中心に発展した日蓮宗（にちれんしゅう、または法華宗＝ほっけしゅう）は、室町時代には京都にも勢力を伸ばしましたが、蓮如と同じ頃に出た日親（にっしん）は、他の宗派を厳（きび）しく非難したことでしばしば迫害（はくがい）を受けました。

例えば、日親が第6代将軍の足利義教（あしかがよしのり）の前で説法（せっぽう）した際には、激怒（げきど）した義教に煮えたぎった熱い鍋（なべ）を頭からかぶせられたという伝説が残っています。

京都の商工業者を中心に支持を受けた日蓮宗は、他の宗派と激しく勢力争いをするようになりました。1532年には法華一揆（ほっけいっき）を結んで一向一揆と対決し、山科（やましな）の本願寺を滅（ほろ）ぼして町政を自治的に運営しました。

しかし、その自治は長くは続かす、1536年に比叡山延暦寺（ひえいざんえんりゃくじ）と衝突（しょうとつ）すると、今度は逆に京都を追われてしまいました。この戦いを天文法華の乱（てんぶんほっけのらん）といいますが、焼打（やきう）ちされた京都の被害は応仁の乱をも上回るものであったと伝えられています。

ちなみに、法華一揆の際に山科を追われた本願寺は本拠地（ほんきょち）を大坂（おおさか、現在の大阪）の石山に移しましたが、法華一揆の反省から防御力（ぼうぎょりょく）を高めた石山本願寺（いしやまほんがんじ）は城のような堅固（けんご）な要塞（ようさい）と化し、戦国大名と並（なら）ぶ大きな勢力を築（きず）き上げることになります。

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